Botuliinitoksiinilla on myös useita lääketieteellisiä käytön aiheita. Botuliinin avulla voidaan hoitaa esimerkiksi kainaloiden ja kämmenten liikahikoilua. Hoito on yleensä hyvin tehokas. Myös esimerkiksi pään tai otsan hikoilua voidaan tarvittaessa vähentää ja hallita botuliini-injektioin jos esimerkiksi esiintymistilanteissa otsan hikoilu koetaan haitalliseksi. Yleinen käyttöaihe botuliinihoidolle on myös bruksismi eli hampaiden öinen narskuttelu, joka voi aiheuttaa mm. jatkuvaa päänsärkyä. Botuliinihoito on varsin tehokasta tähän käytettynä.